登録する上で審査を設け登録する審査に費用がかかるため有料ということですが、やっていることはリンクの販売と同じです。
●ディレクトリサービス：登録審査料金を支払う→審査にパス→サイト掲載
●リンク販売：リンクの費用を支払う→サイトに掲載
結果だけみるとどちらもお金を払ってサイトを掲載してもらう。違うのは登録の審査があるのみ！
この「審査があるから品質が保たれている（価値があると認められている）ディレクトリのみ被リンクの効果が得られる」と考えられます
形だけの審査で100％掲載されるディレクトサービスもあるのでそれは結局リンク販売と同じことなのでリンク販売と見なされる可能性が大きいですね。
実際に判断するのはGoogleさんでしょうから実際によくわからないディレクトリサービスに登録するのはペナルティーになる恐れも充分考えられますので避けたほうが無難でしょう。
ではどうやって見分けるのか？一番簡単な方法はGoogleツールバーなどでディレクトリサービスの実際掲載されるであろうページのPageRankを確認する。
価値のないサービス、ページは当然PageRankが「0」もしくはグレーになっているサービスは要注意です。
例えると日本人はモラルが高いという一般的な評価がありますが全員が良い人ではないですよね。当然凄く悪い日本人もいるのと同じように
有料ディレクトリは総じてペナルティーを受けるとか受けないという問題ではなくて、それぞれのサービスごとに見極めが必要ですね。
あくまでディレクトサービスへの登録は自己責任でお願いします。
有料ディレクトリサイトのリンクのみでの被リンク対策をするのはオススメ出来ません。
様々な下記のようなリンクをバランスよく偏らずに獲得していくことがＳＥＯには重要です。